FPS es una organización presidida y dirigida por los propios productores, quienes en coordinación con la autoridad federal y estatal del sector, así como con las organizaciones agropecuarias y centros de investigación integran el Consejo Directivo, órgano máximo en el que se analizan y acuerdan las acciones que en materia de investigación, validación y transferencia de tecnología deben realizarse en nuestra entidad. Este Consejo Directivo cuenta con una Presidencia Ejecutiva, emanada de ese mismo Consejo.
Para cubrir la geografía del estado, se ha dividido su operativa en tres Consejos Consultivos: Norte, Centro y Sur, quienes de acuerdo con su ubicación geográfica estratégica, atienden las acciones de Fundación Produce Sinaloa, A.C. en los diferentes municipios de la entidad. Estos tres Consejos Consultivos cuentan también con sus respectivas Presidencias que, al igual que la Presidencia Ejecutiva y los integrantes de los Consejos, son puestos honoríficos. En el caso de la zona norte de Sinaloa, hasta el 2002, existieron dos Comités Regionales con asiento en Los Mochis y Guasave.